Reiki energija egzistuoja nuo Visatos sukūrimo laikų. Tačiau iš naujo ją atrado ir Reiki metodą ištobulino daktaras ir budistų vienuolis Mikao Usui. Jis gimė 1865 metų rugpjūčio 15 dieną mažame Japonijos kaimelyje Tanyai (Jamagatos rajonas, Gifu prefektūra), esančiame netoli dabartinės Nagojos. 1914 metais, turėdamas šiek tiek žinių apie budizmą, M.Usui nusprendė tapti budistų vienuoliu. Senuosiuose raštuose – sutrose jis rado vieno iš Budos mokinių užrašus, kuriuose buvo aprašyta, kaip gydydavo Buda. M. Usui apkeliavo daug vietovių, vienuolynų, kol pagaliau nukeliavo ant Kuramos kalno. Čia ant kalno, visiškai nuošalyje, jis praleido dvidešimt vieną dieną pasninkaudamas, melsdamasis ir medituodamas. 1922 m. kovo mėn., einant į pabaigą jo atsiskyrimui, pro jo karūnos čakrą pateko nuostabi galinga dvasinė šviesa ir jis patyrė Satori, arba nušvitimą. Ši šviesa buvo Reiki energija, M. Usui sąmoningumas labai išsiplėtė ir jis suprato, kokia didžiulė jėga į jį įžengė. M. Usui sukūrė Reiki metodo sistemą, kurios dėka galima dvasiškai tobulėti ir padėti kitiems. 

Sensėjus M. Usui iš pradžių Reiki energiją naudojo asmeniniam gydymui, vėliau gydė savo šeimą. 1922 m. balandžio mėnesį jis persikraustė į Tokiją ir ten įkūrė „Usui Reiki Ryoho Gakkai“ - Usui draugija, užsiimančią Reiki praktika. Tuomet atidarė savo kliniką ir pradėjo gydyti bei mokyti žmones Reiki meno. 

1923 m. įvyko baisus Kanto žemės drebėjimas. Tai buvo vienas iš baisiausių ir labiausiai nuniokojusių Japoniją žemės drebėjimų. Žuvo daugiau nei 140 000 žmonių, buvo sugriauta tūkstančiai pastatų, o dar daugiau jų nusiaubė įsisiautėję gaisrai. Tūkstančiai žmonių neteko prieglobsčio, gatvės buvo pilnos ligonių ir invalidų. Daugelis patyrė psichologines traumas. Reiki poreikis išaugo tiesiog neįtikėtinai ir Sensėjus Usui su savo mokiniais dirbo dienomis ir naktimis. 1925 m. M. Usui atidarė didelę kliniką Hara-juku, Aoyama, netoli Meiji šventovės Tokijo centre ir pradėjo vadovauti Reiki mokyklų grupėms bei rengti Reiki gydymo seansus. Jis turėjo daugiau nei du tūkstančius mokinių ir paruošė šešiolika mokytojų. M.Usui dirbo vargšų bendruomenėse, gydė jų nelaimingus gyventojus ir suteikė jiems galimybę sugrįžti į normalų gyvenimą. Tačiau M. Usui pradėjo pastebėti, kad išgydyti žmonės vėl grįždavo į prieglaudas su pablogėjusia sveikata. M. Usui padarė išvadą, kad pagydė kūną, bet pamiršo dvasią. 

Nuo to laiko M. Usui padėdavo tik tiems žmonėms, kurie iš tikrųjų troško pasveikti ir buvo pasiruošę prisiimti pilną atsakomybę už savo sveikatą. Nuo šiol M.Usui net tik mokino žmones, kaip jie gali padėti sau ir kitiems, bet ir mokė gyvenimiškų Reiki taisyklių, kurių dėka galėjo gydyti ne tik savo kūną, protą, bet ir dvasią. Sensėjus Mikao Usui mirė 1926 m. kovo 9 d.

Po kiek laiko Reiki išplito ne tik Japonijoje, bet ir JAV bei kitose pasaulio šalyse. Prie to labai prisidėjo M. Usui mokiniai: Tiudziro Hajasi (Japonų laivyno karininkas), Havayo Takata (JAV pilietė) ir kiti. Ji gimė Havajuose japonų šeimoje. Į Japoniją vyko gydytis, o tapusi Reiki meistro Dr. Ch. Chajaši mokine, ji grįžo į Havajus, kur praktikavo Reiki. 1938 m. į Havajus atvykęs Dr. Ch. Chajaši inicijavo H.Takatą į Reiki Meistrę Mokytoją. Po antrojo pasaulinio karo H. Takata persikėlė gyventi į JAV. Būdama 70-ties metų, ji pradėjo ruošti Reiki meistrus. 1980 m. rugpjūčio mėn. H. Takata, kartu su keliais Reiki meistrais įkūrė Amerikos Reiki asociaciją, kuri turėjo organizuoti ir koordinuoti tolesnį Reiki plėtojimą Amerikoje. 1980 m. gruodžio 11 d. ji mirė, iniciavusi ir išmokiusi 22 Reiki meistrus iš JAV ir Kanados. Iki 2019 m. JAV Reiki asociacijai vadovavo H. Takatos anūkė Filis Lei Furamoto. 

Dabar Reiki specialistai dirba daugelio pasaulio šalių ligoninėse, turi įkūrę savas Reiki klinikas. Reiki, kaip energetinis harmonizuojantis gydymas, naudojamas daugelyje pasaulio šalių ligoninių: Japonijoje, JAV, Vokietijoje, Prancūzijoje, Danijoje, Olandijoje, D. Britanijoje ir kt.