Reiki mokymo sistemoje išskiriami trys laipsniai arba pakopos, nusakančios žmogaus kvalifikaciją Reiki mokymo sistemoje. 

Pirmoji Reiki pakopa suteikia žmogui galimybę tapti Reiki energijos laidininku ir leisti tekėti Reiki energijai fizinio kontakto būdu, t.y. uždėjus rankas ant savęs, kito žmogaus ar gyvūno, daikto. 

Antroji Reiki pakopa suteikia galimybę siųsti Reiki energiją per atstumą. Naudojant Reiki simbolius, galima siųsti energiją į bet kurį erdvės ir laiko tašką, padėti per atstumą, atsiveria naujos dvasinio tobulėjimo perspektyvos. Įgytos žinios ir energetiniai sugebėjimai skatina savidiscipliną, sąmonėjimo procesą, didesnę žmogaus atsakomybę už savo veiksmus ir netgi mintis. Padidėja praktikuojančio Reiki energetiniai gebėjimai. Jis per trumpesnį laiką gali per save perleisti daugiau Reiki energijos. 

Trečioji Reiki pakopa – dar vadinama Meistro pakopa. Jos metu žmogui suteikiama galimybė mokyti šio metodo kitus žmones, inicijuoti į universalios gyvybinės energijos kanalą. Trečioji Reiki pakopa gali būti skirstoma į dvi dalis: 
1) Reiki III – Meistro Gydovo pakopa  

Į trečią pakopą žmogų pakviečia Reiki meistras mokytojas, stebėjęs savo mokinio darbo rezultatus ir galimybes. Tam, kad antros pakopos mokinys galėtų mokintis meistriškos pakopos, būtina kasdieninė meditacinė darbo su savimi ir kitais žmonėmis praktika ne mažiau 1-1,5 metų. Reiki meistras gali dirbti kaip gydovas, o taip pat pravesti individualius arba grupinius Reiki meditacinius užsiėmimus. 

2) Reiki III – Meistro Mokytojo pakopa. 

Prieš perduodant Reiki meistro Mokytojo žinias, Reiki meistro mokinys privalo kartu su savo Reiki meistru Mokytoju atlikti meditacines praktikas, kartu vesti Reiki seminarus ne mažiau kaip  1,5-2 metus. Tokiu būdu įgyjama reikiama patirtis, perduodant žinias, inicijuojant bei padedant žmonėms.